菏泽市专利奖设“市专利技术奖”和“市优秀专利发明人奖”两个奖类。其中，“市专利技术奖”设特等奖、一等奖、二等奖、三等奖。
“市专利技术奖”奖金数额分别为特等奖10万元/项、一等奖2万元/项、二等奖1万元/项、三等奖5千元/项。“市优秀专利发明人奖”奖金数额5千元/人。
菏泽市专利奖遵循公开、公平、公正的原则，由市专利奖评审委员会办公室面向全市企事业单位和个人征集材料并组织评选。
（一）宣传发动
市专利奖评审委员会办公室印发通知，利用媒体进行广泛宣传，指导各县区市场监管局、市直有关单位做好宣传发动和推荐申报工作。
（二）初审
1.市专利奖评审委员会办公室对参评项目进行审查，对符合条件的拟受理参评项目进行公示。
2．将受理参评项目按产业进行分类，组成专家评审组，从专利文本质量、专利性、技术先进性、运用效益等方面进行打分排序。
（三）复审
1.市专利奖评审委员会对初审情况进行复审，作出授奖项目及奖励等级的决议，对拟授奖项目进行公示。
2.将拟授奖项目提请市政府常务会议审议。
（四）表彰
由市政府常务会议研究审议作出授奖决定。市专利奖评审委员会办公室组织召开奖励大会予以表彰，颁发荣誉证书和奖金。
目前，市专利奖评审委员会办公室设在菏泽市市场监督管理局，地址：牡丹区中华西路2777号。
获奖单位和个人需要向市专利奖评审委员会办公室提供以下材料：
（一）专利技术奖。获奖企、事业单位需提交：1.单位开户银行账户信息；2.加盖财务专用章的收据。
（二）优秀发明人奖。1.本人身份证复印件；2.开户银行账户信息。
奖金将以汇款形式发放到获奖单位和个人提供的银行账户。